À l’exception des zones ouvertes des prés ou des cultures, ainsi que des centres urbains dépourvus d’espaces verts suffisants, et tout comme l’Accenteur mouchet, le Troglodyte se rencontre dans un grand nombre de milieux pour autant qu’il puisse y disposer d’une couverture suffisante. L’espèce sera donc présente dans des habitats très divers : sous-bois développés avec ronciers ou fougères, berges des canaux et des rivières aux rives envahies par la végétation, chemins creux et talus embroussaillés, schorres envahis de saules et de roseaux, etc. Des vieux parcs, de vastes jardins et les abords de fermes, entre autres, lui conviennent également comme sites de nidification.
Le Troglodyte est un cavernicole en ce sens qu’il construit son nid en forme de boule sphérique ou ovoïde pourvu d’une ouverture latérale circulaire comme entrée. C’est le mâle qui en bâtit le gros œuvre, tandis que la femelle se réserve l’aménagement douillet du revêtement interne. Solide, généralement situé à faible hauteur en un lieu abrité et pouvant servir de gîte en hiver, cette petite construction adroite peut s’ériger en des endroits les plus divers : entre les tiges d’un lierre grimpant, sous un pont (comme chez le Cincle plongeur), sur un chevron d’une soupente, dans la cavité d’un mur, dans l’escarpement d’une berge, dans un arbuste touffu, dans un tas de branchages morts ou de fagots, dans une souche pourrie, dans un vieux nid d’Hirondelle, etc. Plus insolites encore sont les nids que l’on rencontre insérés dans des bouquets accrochés à un mur, dans des bottes de haricots secs suspendus au plafond de bâtiments peu fréquentés et même dans la poche d’une veste abandonnée sur sa patère dans une grange désaffectée …
N’oublions pas que le Troglodyte ne dédaigne pas le nichoir en terre cuite en forme de « petit pain rond » que l’on place judicieusement contre un mur de la maison ou du garage, à plus de trois mètres de hauteur et dans un recoin discret.
Tout comme chez l’Accenteur, le nid du Troglodyte est souvent parasité par le Coucou gris.
Il est admis que les Troglodytes d’Europe centrale et méridionale sont généralement sédentaires. Chez nous, la plupart de nos individus nicheurs adultes restent sur place tandis que les jeunes s’aventurent en France pour hiverner. Des longues périodes de froid intense ou d’enneigement prolongé déciment fortement les populations locales.